Gaia Project es un juego en la línea de Terra Mystica. Como en el Terra Mystica original, catorce facciones diferentes viven en siete tipos de planetas diferentes, y cada facción está atada a sus propios planetas natales, por lo que para desarrollarse y crecer, deben terraformar los planetas vecinos para convertirlos en sus entornos natales en competencia con los otros grupos. Además, los planetas Gaia pueden ser utilizados por todas las facciones para la colonización, y los planetas Transdimensionales pueden convertirse en planetas Gaia.

Todas las facciones pueden mejorar sus habilidades en seis áreas diferentes de desarrollo -Terraformación, Navegación, Inteligencia Artificial, Gaiaformación, Economía, Investigación- que conducen a tecnología avanzada y bonificaciones especiales. Para ello, cada grupo cuenta con habilidades y destrezas especiales.

El área de juego se compone de diez sectores, lo que permite una configuración variable y, por tanto, un valor de rejugabilidad aún mayor que el de su predecesor Terra Mystica. Una partida para dos jugadores se desarrolla en siete sectores.